Naval Ops é um game de simulação de combate entre navios e aviões, onde ganha quem afunda a frota adversária no mar ou derrubar todos os aviões inimigos. A seqüência Commander segue a mesma linha de Warship Gunner, mas com a história um pouco diferente, num futuro distante, onde poderosos navios de guerra lutam para dominar os mares.

Apesar disso, a jogabilidade é parecido com o original, mas com algumas mudanças, como novas formações táticas que permite combates em tempo real. Naval Ops: Commander tem 200 navios e aviões novos, alem de uma gama enorme de armas disponíveis para detonar qualquer um que cruzar o seu caminho, seja por ar ou pelo mar.